Na een succesvolle periode op het veld is FC Zaanstad in het seizoen 2016/2017 onder dezelfde naam gestart als zaalvoetbalclub. Dit resulteerde gelijk in twee enthousiaste teams met talentvolle spelers uit Zaanstad, die het veld voetbal combineren met zaalvoetbal. De eerste twee seizoenen zijn tot nog toe erg succesvol gebleken. Het eerste seizoen 2016/2017 werd door zowel het eerste team in de hoofdklasse, als het tweede team in de 1e klasse gestreden om het kampioenschap. Dit is helaas met beide teams net niet gelukt.

Het seizoen 2017/2018 speelde zowel FC Zaanstad 1 als FC Zaanstad 2 in de hoofdklasse van de Zaanse koepel competitie. Aan het einde van het seizoen stonden zij op plaats 1 en 2. Beide teams samen scoorde meer dan 300 doelpunten.

Vanaf het seizoen 2018/2019 speelt het 1e team in de KNVB competitie. Het eerste seizoen werd direct de nacompetitie gehaald, maar zat promotie er helaas niet in. Het seizoen daar opvolgend was het vlaggenschip op koers om het kampioenschap binnen te halen. Helaas is de competitie een paar weken te vroeg beëindigd. De KNVB heeft toch besloten om het team te laten promoveren naar de 1e klasse.